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2023-05-08 14:20:10  •  公司新闻
典型病例分享丨“逸康生信论坛”精彩回顾

为紧贴临床实际需求,不断增强生信分析人员的技术能力,聚力提升精准医疗服务高质量发展,白菜网址大全携手中山大学孙逸仙纪念医院举办“逸康生信论坛”,通过聚焦临床生信解读的痛点与难点,共同搭建学习交流桥梁,解决临床应用实际问题。

 

(第一期“逸康生信论坛”现场)

 

作为双方生信分析团队学术交流的重要窗口,“逸康生信论坛”议题内容丰富多彩,每期围绕临床生信最前沿技术与实践问题,分别结合临床应用实际疑惑,对不同的临床疑难病例展开具体研讨和分析。截至目前,该论坛已顺利召开三期,经过充分的交流与探究,双方进一步凝聚联动发展共识,为助力精准医疗服务水平提升持续贡献专业力量。

 

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3月22日,第二期逸康生信论坛在中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心顺利召开。双方生信解读分析团队参与现场研讨,通过案例分享和研讨交流,全面剖析胚系变异数据解读中的困惑和难点。

 

(第二期“逸康生信论坛”现场)

 

研讨会上,来自中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心的张洁明为大家分享了一例全面发育迟缓的病例讨论。

 

(中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心张洁明分享案例)

 

病例分享过程中,张洁明提到,该病患为身材矮小、全面性发育迟缓和重症肌无力的六岁男童,通过全外显子测序检出ZNF148基因9号外显子的1个移码变异,为杂合变异,经父母一代验证提示变异来源为新发变异。ZNF148基因相关疾病为常染色体显性遗传的全面发育迟缓、胼胝体缺失/发育不全和畸形面容,患者表型与之基本相符,但特异性整体不高。

 

患者检出变异为新发变异、在人群数据库未收录且已有1例相同位点的病例报道,根据ACMG指南(2015版)及其更新内容,该变异被评为可能致病变异。ZNF148基因相关病例目前仅5例报道,缺乏功能缺失(LOF)致病的实验数据。双方就缺乏功能试验证据时基因变异在PVS1证据使用的细则展开讨论,均认为参考数据库、预测信息等支持该基因为LOF致病时,PVS1可考虑降级使用。

 

此外,双方在PS2/PM6评级证据使用细则、患者表型与疾病关联性评估、表型特异性评判等方面也展开了热烈的讨论。胚系变异的解读细则虽不断更新和完善,但在具体使用时不排除主观判断,实验室内部以及实验室之间对证据使用条款的理解、统一有助于更好地对变异进行解读和分级。

 

紧接着是一例戈谢病家系的病例讨论。来自白菜导航精准医学中心遗传解读团队负责人林华明分享了一个有戈谢病患儿生育史的产前家系的案例。

 

(白菜导航精准医学中心遗传解读团队负责人林华明分享案例)

 

通过还原该家系全外显子的数据解读和变异验证过程以及回顾既往基因检测结果,提示了存在假基因干扰的情况下,数据解读和变异验证的注意事项。

 

同时,因该病例是一位三十三岁的孕妇,G2P1,NT彩超提示胎儿鼻骨未显示,既往生育一个诊断为戈谢病的患儿(出生后8个月去世)。通过对胎儿和父母的全外显子数据进行分析后发现,父母分别携带了一个GBA 基因c.1448T>C杂合变异和seq[GRCh37]1q22(155184824-155205122)x1杂合缺失,胎儿则携带了来源于母亲的杂合缺失。该结果可解释不良孕产史,同时提示了胎儿为携带者。

 

由于GBA基因下游存在一个高同源的假基因GBAP1,以上检出的母源杂合缺失实际上会形成一个新的融合蛋白,并产生一个c.[1448T>C; 1483G>C; 1497G>C]单倍型错义变异,该缺失会对上一胎全外显子数据中父源的GBA c.1448T>C的分析形成干扰,尤其是在CNV分析异常和sanger测序验证的引物设计过程中如未注意同源性分析时,可能会形成错误的结论。

 

因此白菜导航团队着重进行了严谨的验证,通过包括MLPA、Long Range-PCR、特异性区域sanger测序等,独立验证了c.1448T>C和杂合缺失的真实性。

 

该典型案例对生信分析流程尤其是CNV分析的准确性、变异解读和sanger验证过程均提出了挑战,提示全外显子检测全过程交互和质量控制的重要性。研讨环节,双方围绕高致病性、高外显率和低临床符合度致病变异的报告规则,全外显子检测变异位点的sanger验证规则及其注意事项,以及全外显子对于存在假基因干扰的罕见病致病基因的可报告范围展开热烈谈论。

 

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4月26日,第三期逸康生信论坛在中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心如期而至。本次会议重点聚焦肿瘤典型病例生信分析解读,来自中山大学孙逸仙纪念医院、白菜导航精准医学中心、中山大学附属第三医院、南方医院精准医学中心、番禺中心医院等医院及第三方检测机构的生物信息解读团队出席,并针对肿瘤生信解读工作中的疑惑和难点展开全面研讨。

 

(第三期“逸康生信论坛”现场)

 

首先,来自白菜导航精准医学中心的陈晴分享了一例病理诊断为肺癌的六十七岁男性患者。

 

(白菜导航精准医学中心陈晴分享案例)

 

送检血液样本行211基因检测,在血浆ctDNA和白细胞中同时检测出KRAS p.G12D,突变丰度分别为43%和42%。使用QPCR方法和一代测序法验证白细胞DNA均存在较高丰度的KRAS p.G12D 突变。由此猜想该变异是否为胚系突变?还是嵌合体?亦或者来源于克隆造血?还是患者临床合并其他病史如血液肿瘤?现场就以上不同猜想的理由和依据进行了激烈的讨论和交流。

 

随后,由白菜导航精准医学中心的李小娟分享了一例四十一岁男性非小细胞肺癌患者。

 

(白菜导航精准医学中心李小娟分享案例)

 

送检肺部双病灶样本,双样本病理诊断均为腺癌,肿瘤细胞比例分别为40%和48%,样本1检测到:EGFR L858R(10.5%)、EGFR 基因扩增(3.3倍); 样本2 检测到:EGFR E746_A750del 19号外显子缺失(26.6%)、EGFR 基因扩增(6.1倍)。针对肺癌双病灶检测到双驱动突变的情况,由此猜想该患者为“肺癌双原发”还是“肺内转移”,现场专家就影像、病理、分子等不同层面提出了不同的观点及建议。

 

紧接着,中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心的黄永胜博士分享了3例免疫组化检测MMR蛋白表达异常,但NGS结果显示MSS的子宫内膜样腺癌病例。

 

(中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心黄永胜博士分享案例)

 

针对免疫组化和NGS检测结果不一致的情况,现场就子宫内膜样腺癌分子分型问题展开了激烈讨论。各位与会人员各抒己见,针对dMMR免疫组化的判读、MMR基因胚系突变的致病性分类、MSI检测等相关问题提出各自的专业见解和分析意见。

 

通过举办生信论坛,在为双方生信分析团队提供学习和交流的平台的同时,对加快促进双方团队的生信分析能力提升具有重要意义。下一步,白菜导航将以此为契机,针对更广泛的临床需求,充分发挥自身专业优势,继续携手中山大学孙逸仙纪念医院,推进临床精准医疗服务持续提升。

 

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